帕克斯顿·费特尔领导克隆人超级士兵起义，占领了阿玛查姆科技公司（ATC）总部。作为恐惧的新成员，主角与他的队友和三角洲部队合作追捕帕克斯顿·费特尔。通过在狩猎过程中获得的各种信息，主人公得知帕克斯顿·费特尔是阿尔玛的第二个儿子，具有强大的精神力量，是原始计划的一部分，他将前往被遗弃的原始计划实验基地营救阿尔玛。最后，当号角抓住帕克斯顿·费特尔，帕克斯顿·费特尔时，他成了大师。告诉主角他是阿尔玛的长子。主角最终杀死了帕克斯顿·费特尔。但原籍项目的负责人、阿尔玛的父亲哈兰·韦德（Harlan Wade）对阿尔玛的酷刑感到内疚，于是释放了阿尔玛。主角不得不摧毁设施中的反应堆，炸毁整个实验基地，以消灭阿尔玛。当主角被三角洲部队的直升机营救时，阿尔玛也出现在飞机上。当最终制片人名单播出时，有一通来自Genevieve Aristide（第二代中的主角将逮捕ATC总裁）和一名国会议员的电话。在电话中，Genevieve Aristide说原始计划仍在控制之中，原型（主角）成功了。
从这里看来，主角似乎是被故意安排在恐惧组织中的。帕克斯顿·费特的反叛只是让帕克斯顿·费特尔有能力发现主人公，但在第二代中没有提到他，
第二代
故事发生在第一代大爆炸前30分钟。在追捕帕克斯顿·费特尔的过程中，第一代主角发现了各种证据，证明ATC总裁吉纳维夫·阿里斯蒂德有罪。第二代主角贝克特是三角洲部队的成员。他和他的队友去了Genevieve Aristide的住所并逮捕了她。但杰纳维夫·阿里斯蒂德的住所遭到ATC董事会雇佣的雇佣军的袭击。当主角找到吉纳维夫·阿里斯蒂德时，她告诉主角关于先兆计划的事，并说主角和他的队友是对付阿尔玛的唯一希望。当她想详细解释的时候，一代的主角引爆了反应堆，引起了巨大的爆炸，主角被惊呆了。
当主人公醒来时，他发现几名医生在Genevieve Aristide的指挥下为他做手术。当他完全醒来时，他在一家地下医院发现了他，ATC董事会的雇佣兵正准备炸毁医院以摧毁尸体。在逃到地面的过程中，主人公遭到了阿尔玛的袭击，一个自称蛇拳的男子向他伸出了援助之手，告诉他，由于这次手术，主人公的精神力量大大增强了，变得更加引人注目，阿尔玛将主人公吸引住了。逃到地上后，只剩下一队四人，他们去了韦德小学，蛇拳就藏在那里。在小学里，主人公发现这里是空管“模范”项目的实验场地。同时主人公也知道所谓的“先兆”“这个计划是为了创造一个类似帕斯顿·费特尔（Paxton Fettel）这一代人的精神力量指挥官来控制克隆人士兵。主角和另一个幸存的队友基冈（Keegan）是最有希望的。在地下实验室，主角发现了蛇拳，他实际上是一名空中交通管制人员。在被克隆人杀手杀死之前，蛇fist告诉主教，要打败Alma，我们需要去still island（第一代时Alma被囚禁的地方），以增强主人公的精神力量，打败Alma。
在去静物岛的路上，基冈一个人走了，主人公赶上了。但是由于克隆人士兵的袭击，他们没有赶上。最后，在主人公与队友见面后，他与女队长一起前往精神力量增强者处。当船长正要打开加强板时，Genevieve Aristide出现并杀死了船长I，阻止了加强板的操作。她告诉主角，由于原籍计划的披露，她失去了董事会的价值。为了有权与董事会谈判，她想监禁阿尔玛。利用阿尔玛作为讨价还价的筹码。方法是将Alma锁定在该增强器中。在游戏开始时，手术是为了增强主人公的精神力量，而阿尔玛对精神力量极其敏感。这样，主人公就成了诱饵，把阿尔玛带到了静物岛。这时，阿尔玛突然出现了。Genevieve Aristide将Alma和主角锁在了加强板上。
主人公发现自己身处梦境。当他想打开增强器时，基冈突然出现攻击主角，并大叫为什么不是我？？最后，主角打败了基冈，开始了加劲。这时，主人公发现自己走出了梦境，被封闭在增强器中。突然，增强器打开，主角发现阿拉姆站在他面前，身后是废墟。阿尔玛怀孕了。阿尔玛走到主角面前，把手放在他的肚子上。主人公听到一个女人的声音叫“木乃伊”
第二代的结束可能会留下很多悬念。那个孩子是贝克特吗？？阿尔玛为什么要吸收贝克特？？为了贝克特强大的精神力量？？和贝克特生个孩子？？找到一个帕克斯顿·费特尔的替代者来控制克隆人军队？？那下一代的主角呢？？
ATC计划。以下项目位于最后一层的数据托盘上。
12阅读本页全文